בוני אן ברגר (Bonnie Anne Berger), פרופסור סימונס למתמטיקה במכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס (MIT), היא דמות חלוצה בביולוגיה מולקולרית חישובית, שגישרה על הפער בין אלגוריתמים תיאורטיים לבין ניתוח גנומי. הקריירה האקדמית שלה, שהחלה עם קבלת תואר דוקטור בשנת 1990, הניבה תובנות בסיסיות בקיפול חלבונים, גנומיקה השוואתית ופרטיות נתונים.
השכלה מוקדמת ותחילת הקריירה
ברגר, שנולדה במיאמי בשנת 1964 או 1965, למדה רוסית ופסיכולוגיה באוניברסיטת ברנדייס (Brandeis University) לפני שגילתה כישרון לתכנות. לאחר שקיבלה תואר ראשון בשנת 1983, עברה למכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס לצורך לימודי הדוקטורט שלה בהנחיית סילביו מיקאלי (Silvio Micali). במהלך תקופתה ב-MIT, היא קיבלה הדרכה לא רשמית מפיטר שור (Peter Shor) וזכתה בפרס מאכטי (Machtey Award) בשנת 1989 על מחקרה בנושא אלגוריתמים מקביליים לצד ג'ון רומפל (John Rompel).
תרומות לביולוגיה חישובית
מחקר פוסט-דוקטורט בהנחיית דניאל קלייטמן (Daniel Kleitman) הפנה את ברגר לעבר ביולוגיה חישובית בעקבות היכרותה עם התיאוריה של קיפול חלבונים. היא הצטרפה לסגל ה-MIT בשנת 1992, ופיתחה בהמשך שיטות לחיזוי מבני חלבונים מסוג 'סליל-סליל' (coiled coil) באמצעות טכניקות פיצוח קוד. עבודתה המאוחרת בנושא קפסידות ויראליות הציגה את התיאוריה שמעטפות חלבון אלו מורכבות באמצעות אינטראקציות מקומיות ספציפיות של 'מנעול ומפתח'.
מחקר גנומי וגנומיקה דחיסתית
ברגר השיגה אבן דרך מרכזית בשנת 2000 כאשר הובילה את ניתוח הגנום ההשוואתי הראשון בין אדם לעכבר יחד עם סרפים בטזוגלו (Serafim Batzoglou) וליאור פכטר (Lior Pachter), וחשפה כי אזורים מקודדים בין המינים חולקים זהות של 80%. מחקריה המאוחרים כוללים את פיתוח Isorank ליישור גנים בין-מינים ואת המצאת הגנומיקה הדחיסתית. שיטה אחרונה זו מאפשרת לתוכנה לעבד נתוני DNA וחלבונים דחוסים ישירות, ובכך להגדיל משמעותית את המהירות החישובית.
Twenty questions, eight minutes on the clock, and a percentile measured against everyone who has taken it. No sign-up.
Take the IQ test →פעילות מקצועית ופרטיות
מעבר למחקריה, ברגר מילאה תפקידי מנהיגות, כולל סגנית נשיא האגודה הבינלאומית לביולוגיה חישובית. היא התמקדה בטיפול באי-שוויון מגדרי בתחום באמצעות סדנאות ויוזמות מדיניות. בנוסף, היא עוסקת בפרטיות גנומית, ומתאימה טכניקות קריפטוגרפיות של חישוב רב-משתתפים כדי לאפשר למוסדות לשתף נתונים ביולוגיים רגישים בצורה מאובטחת.
עובדות מהירות
- לידה: 1964 או 1965, מיאמי - תואר ראשון: אוניברסיטת ברנדייס, 1983 - תואר דוקטור: MIT, 1990 - משרה אקדמית: פרופסור סימונס למתמטיקה, MIT - הכרה בולטת: פרס מאכטי, 1989 - עמיתה מקצועית: עמיתת ACM, 2003 - תחומים: אינפורמטיקה ומדעי המחשב
שאלות שקוראים שואלים
### מהי החשיבות העיקרית של מחקר הגנומיקה ההשוואתית של ברגר?
עבודתה סיפקה את ההדגמה הראשונה לכך שגנומים של בני אדם ועכברים חולקים זהות של 80% באזורים מקודדים, ובכך הקימה מסגרת לניתוח גנומי השוואתי.
### מה מאפשרת הגנומיקה הדחיסתית?
היא מאפשרת לתוכנות קיימות לנתח נתונים בפורמט דחוס ללא צורך בפריסה מוקדמת, מה שמגדיל את היעילות בשני סדרי גודל.