Саймонсовский профессор математики в Массачусетском технологическом институте Бонни Энн Бергер (Bonnie Anne Berger) является пионером в области вычислительной молекулярной биологии, преодолевшей разрыв между теоретическими алгоритмами и геномным анализом. Её академическая карьера, начавшаяся с получения докторской степени в 1990 году, привела к фундаментальным открытиям в области сворачивания белков, сравнительной геномики и конфиденциальности данных.
Раннее образование и начало карьеры
Бергер родилась в Майами в 1964 или 1965 году. Она изучала русский язык и психологию в Университете Брандейса, прежде чем обнаружила у себя способности к программированию. Получив степень бакалавра в 1983 году, она перешла в Массачусетский технологический институт для обучения в аспирантуре под руководством Сильвио Микали (Silvio Micali). Во время работы в MIT она получала неформальную поддержку от Питера Шора (Peter Shor) и в 1989 году была удостоена премии Machtey Award за свои исследования параллельных алгоритмов совместно с Джоном Ромпелом (John Rompel).
Вклад в вычислительную биологию
Постдокторские исследования под руководством Дэниела Клейтмана (Daniel Kleitman) направили Бергер в сторону вычислительной биологии после знакомства с теорией сворачивания белков. В 1992 году она вошла в состав преподавателей MIT, где впоследствии разработала методы предсказания структур спиральных белковых нитей, используя методы взлома кодов. Её более поздняя работа над вирусными капсидами представила теорию о том, что эти белковые оболочки собираются посредством специфических локальных взаимодействий по принципу «замок и ключ».
Геномные исследования и компрессионная геномика
Бергер достигла важной вехи в 2000 году, возглавив первый сравнительный анализ геномов человека и мыши совместно с Серафимом Бацоглу (Serafim Batzoglou) и Лиором Пахтером (Lior Pachter), который показал, что кодирующие области между этими видами идентичны на 80%. Её дальнейшие исследования включают разработку Isorank для межвидового выравнивания генов и изобретение компрессионной геномики. Этот последний метод позволяет программному обеспечению обрабатывать сжатые данные ДНК и белков напрямую, что значительно увеличивает скорость вычислений.
Двадцать вопросов, восемь минут на часах и процентиль, измеренный по всем, кто его проходил. Без регистрации.
Пройти тест IQ →Профессиональная деятельность и конфиденциальность
Помимо своих исследований, Бергер занимала руководящие должности, включая пост вице-президента Международного общества вычислительной биологии. Она уделяла особое внимание борьбе с гендерным неравенством в этой области посредством семинаров и политических инициатив. Кроме того, она занимается вопросами геномной конфиденциальности, адаптируя криптографические методы многосторонних вычислений для того, чтобы учреждения могли безопасно обмениваться конфиденциальными биологическими данными.
Краткие факты
- Родилась: 1964 или 1965, Майами - Бакалавриат: Университет Брандейса, 1983 - Докторская степень: MIT, 1990 - Академическая должность: Саймонсовский профессор математики, MIT - Признание: премия Machtey Award, 1989 - Членство: член Ассоциации вычислительной техники (ACM), 2003 - Области: информатика и компьютерные науки
Вопросы, задаваемые читателями
### Каково основное значение исследований Бергер в области сравнительной геномики?
Её работа предоставила первое доказательство того, что геномы человека и мыши идентичны на 80% в кодирующих областях, создав основу для сравнительного геномного анализа.
### Что позволяет делать компрессионная геномика?
Она позволяет существующему программному обеспечению анализировать данные в сжатом формате без предварительной распаковки, что увеличивает эффективность на два порядка.
